除了自己麾下的精锐武士和各地封建民兵，他的军队里有一些装备上火绳枪和小型火炮的新式部队。这让他认为自己有能力抵消葡萄牙士兵的技术优势。他的接班人拉贾尼纳王子（罗阇辛哈一世），也是不输于父亲的武士君主，并已经具备了独当一面的能力。
这一年11月，庞大的锡塔瓦卡军队开始接近科特城。此时城里的守军主力，是9000名以不同方式动员起来的本地民兵--拉斯卡林（大部分不是战兵）。原本只有180人的葡萄牙守备队，有幸得到了300名来自果阿的援军支持。加上12艘被武装起来的小型福斯特战船，构成了防御城市的全部力量。
好在科特城本身坐落于河流湖泊边的一块半岛高地上，四周不是水网地形，就是有沼泽拱卫。惟一的陆地交汇点，也有挖掘的护城河保护。城市本身有巨大的红色岩石城墙，很难被小型火炮攻破。在南方的两块平地上，还分别筑有小型堡垒和城墙工事，可谓是易守难攻。
1557年11月，马亚多内的军队已完成了对科特城的整体性包围。国王自己率军在城市以北担任总预备队。同时也威胁着河道最狭窄的城市北部段城墙。麾下大将穆达利率领相对较弱的部队，在城市的东面扎营。除了围困，还需要牵制城外的一座小要塞守军。真正的主力被交给王子拉贾尼纳节制，在城市的西面湖泊边展开。
显然，锡塔瓦卡军队为拿下科特城做了两手准备。首先是在庞大的规模帮助下，他们即便强攻失败也可以继续保持围困。最终用后勤灾难来迫使城里的敌人投降。但他们也没有放弃巧取的希望。准备利用守军可能的大意，从靠近湖面的城墙处突破。因为那里通常是防御者认为最安全的地方。
葡萄牙守城指挥官阿方索，也的确将有限的士兵大都分配在城市的南北两头。但12艘小型战舰组成的船队，被用于在城市西面的湖面巡逻。剩余的葡萄牙人也负责指挥庞大的本地士兵，作为机动力量使用。
当拉贾尼纳王子的主力军在黎明时分发起偷渡，就遭遇到了福斯特战舰拦截。虽然僧伽罗人的数量众多，但只有单兵轻武器进行射击。同时，庞大的运输船队在昏暗光线下也容易陷入混乱。葡萄牙人使用舰艏的小型鹰炮射击，成功将首批敌船驱逐。接着，大批本地土兵被派到了西面城墙增援。拉贾尼纳王子也就明智地放弃了偷袭，转而让士兵回到湖的西岸布防。但他没有料到，城内的守军很快就顺势发起了一次反击。
在阿方索的指挥下，少量葡萄牙人也在西岸登陆，冲入了王子所在的营地。措手不及的拉贾尼纳只能在左右人保护下离开，将自己的旗帜也丢在营帐内。葡萄牙士兵在王子后面紧追不舍，逐渐陷入了众多僧伽罗军队的包围圈。身先士卒的阿方索在战斗中颈部中箭，又迫使自己人撤退，将他带回船上。僧伽罗士兵也一路追到了岸边，遭到负责掩护的葡萄牙战船炮击，目送眼前的小股敌军全身而退。他们之后便加固阵地，开始执行漫长的封锁战略。
之后的几个月里，整个科特城都与外部世界隔绝开来。绝妙的地形，让进攻者不可能通过挖地道或使用大型工程武器来迫近城墙。僧伽罗人同样没有近代化的大型远程火炮，不可能击垮厚重的城墙。因此，饿死守军成为了他们的唯一选择。葡萄牙士兵也在战舰掩护下，数次渡河夺取了附近村庄。但在僧伽罗人的火力和数量压制下，每次都只能选择放弃战果。
围攻战进行到1558年的8月，科特城内的物资供应已趋于枯竭。所有军官一致认定，必须路通陆战击垮锡塔瓦卡军队，否则就只能弃城而去。于是，300名葡萄牙士兵与3000名拉斯卡林土兵出城，渡河到西岸登陆，准备打通去往科伦坡的道路。
由于船只数量有限，反击的联军不得不分为前锋-中卫-后卫这三批行动。每个分队都由100名葡萄牙人和1000人的土兵组成。前者使用火绳枪和短矛为主，后者则是传统的弓箭、长矛与剑盾配置。
如此之大的动静，自然逃不过僧伽罗士兵的眼睛。当城内守军的前锋刚刚站稳脚跟，就遭到了对手从阵地内倾泻的压制火力。通过几十年的接触和斗争，锡塔瓦卡的士兵手里也不乏来自穆斯林走私犯的枪炮。他们通过加固阵地做掩护，不断尝试以远射火力逼退对手。但葡萄牙人用2门小型鹰炮发射散弹，再派火枪手轮番排射，将僧伽罗火器部队打出了原有阵地。
随着葡萄牙前锋与中卫部队的前进，他们很快就追着敌人远离湖畔。海里的僧伽罗人则从北面赶来，成功将两股敌军包围起来。随即，2000多联军停止前进，在原地同数倍于自己的敌人激战。不仅要面对火枪和弓箭的密集射击，还要应付不断冲锋上前的僧伽罗武士，同这些长期磨练格斗技巧的专业人士肉搏。
另一名锡塔瓦卡大将穆达利，也率军从南面赶来。他们对最后抵达西岸的葡萄牙后卫发起围攻，想迫使对方无力增援其他分队。但他自己的部队也因为事发突然，而无法同时抵达战场。葡萄牙人抓住这个机会，组成方阵发起了一次冲锋。结果，尚未完成战斗编组的僧伽罗部队被冲散，将领穆达利也在混战中被杀死。拉斯卡林土兵见状，开始不顾队形地追杀锡塔瓦卡士兵，却又不幸撞上了更多赶到的僧伽罗人。因此，原本形势大好的葡萄牙后卫也彻底陷入被动。
负责指挥的梅洛，还是用剩下的几百人又进行了一次冲锋。他们成功击溃了部分包围前2路分队的僧伽罗士兵，让主力得以从一个临时通道撤回岸边。锡塔瓦卡军队这时已大体完成了汇合，继续成批压向背靠湖水的联军。好在湖面上的12艘福斯特战舰及时开火，再次将追兵打散。这才让反击部队的幸存者们，有足够时间撤回城内。但还是有不少人死在僧伽罗弓箭之手。
这次失败的反击过后，科特城又遭到了3个月的围困。但因为已经不少守军毙命，所以后勤危机得以有所缓解。同时，一小批来自锡兰岛北部马纳要塞的葡萄牙援军抵达，带来了不少粮草物资。他们利用对方的疏忽，成功杀入城内。这让守军的兵力又有了加强。
到了这年11月，葡萄牙人意识到自己必须再次进行大规模决战反击。只是这次，他们将战场搬到了城市以南的安博劳隘口。这里其实就是区域内最大面积的平地，适合部队集结作战。于是，370个葡萄牙士兵与7000人（包含辅兵）的拉斯卡林土兵渡过护城河，组成了平行的三个战阵。
锡塔瓦卡军队也以最快速度迂回到南面集合，准备在这一年结束前完成战斗。这次，由于战场环境比较开阔，葡萄牙人的火力优势被进一步加强。已经习惯于整排齐射的欧洲火枪手，在火力密度和连续性方面远胜打法更为随意的锡兰人。加上背后是护城河与城墙工事，让僧伽罗人无法完成迂回。因此战斗就成为了纯粹的正面决战。
联军最后还是采取强行冲锋的手段，将队形更为松散的锡塔瓦卡部队冲散。混战中，求生欲更强的联军再次占得上风，将僧伽罗军队逐步打出战场。
马亚多内国王至此意识到自己的围攻战已彻底失败。他的军队在一年的漫长战事中，因阵亡、伤病和开小差，损失了大量人手。再拖下去，很可能遇到更多从印度赶来的葡萄牙援军攻击。因此，他下令全军撤退，结束了这场旷日持久的大战。原本已岌岌可危的科特城，也就此解除了警报。
葡萄牙殖民者在科特得手之后，继续向岛内其它地区入侵。悉达伐迦国王摩耶杜恩及其子罗阇辛哈一世坚持与侵略者作战
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