自从大蛇丸叛逃之后，自来也就一直在追踪着大蛇丸的踪迹。
自来也从来没有放弃过追上大蛇丸，劝他放弃自己残忍的研究，返回木叶，但是大蛇丸的执念太深了，仅有的几次接触，仅有的几次交流都没有得到好的结果。想一想，这是非常正常的事情，大蛇丸如果这么容易就被服，那他就不是大蛇丸了。
大蛇丸是一个非常难缠的角色，他经验丰富，战斗能力强大，而且有着非常强大的反追踪能力。他一旦隐藏起来，即使是自来也想要见他，也需要花费不的功夫。
一个人在广阔的忍界中寻找一个刻意隐藏起来的高手，这无疑是一件非常困难的事情。在这件事上，木叶也给不了他多大的帮助。
木叶的精力是有限的，在最初的一个月，木叶派出追踪大蛇丸的暗部还给他带来不少的情报，但是随着时间的流逝，村子逐渐将这些人手安排了其他的任务。换句话，如果没有自来也的坚持的话，到现在，木叶对于大蛇丸的追捕就变成了空话。
这其实是一件很无奈的事情，还是那个原因，抓捕像大蛇丸这样的叛忍，需要付出的时间和精力都不是数字。即使是木叶也没有办法容忍数支精英的忍者队将自己的时间浪费追捕上，有这个时间还不如安排他们多参加几次其他的任务，减轻木叶人手方面的压力。
所以，无论是哪个村子遇到大蛇丸这种级别的叛忍都会像木叶这样处理。当然了，有大蛇丸这样威慑力的叛忍是非常少见的。拥有了大蛇丸那样的实力，在各自的村子中都有非常高的地位，他们一般是不会抛弃这一切叛逃的。
暗部确实有追杀叛忍的职责，在庞大的叛忍群体中，大部分的叛忍实力都不是很强，但是却可以产生及其恶劣的影响。暗部负责将他们抓捕，或者是杀死以降低这种影响。
大蛇丸掌握的知识是木叶宝贵的财产，如果一旦泄露出去，其实也是对木叶的一种削弱。但是大蛇丸不会轻易的将自己的知识泄露，这不仅是木叶方面的一厢情愿，而是在熟悉大蛇丸性格的基础上，分析相关的情报得出的结论。
大蛇丸叛逃的原因是为了自己的血腥研究，需要大量的实验体。这些实验体的身体素质要好，不能拿体弱的平民凑数，没有那个村子在短时间内提供这么多的实验体来满足大蛇丸的要求。
其实，团藏的根部一直和大蛇丸保持着非常密切的联系，他们之间是合作的关系。团藏提供资金，设备，技术资料，大蛇丸反馈成果。这样一来，大蛇丸和村子都得到的好处，恶名全部都在大蛇丸头上，不过大蛇丸显然不在意这些虚名。没有人打扰大蛇丸的研究，这样的生活正是大蛇丸所希望的。
这是一种不能出来的默契，一旦这份默契被打破，大蛇丸面临的就是木叶层出不绝的追捕和暗杀。真的到了那个时候，大蛇丸才会真正的感觉道孤身和这样的大忍村敌对的后果。
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